Light My Cells : une base de données pour la prédiction de fluorescence en microscopie
Et s’il était possible de prédire la fluorescence… sans fluorescence ? Le projet Light My Cells, porté par Emmanuel Faure, chargé de recherche CNRS au Laboratoire d’informatique, de robotique et de microélectronique de Montpellier, propose une solution innovante : une base de données conçue pour entraîner des modèles de prédiction d’images fluorescentes à partir de microscopie en lumière transmise. Avec près de 57 000 images 2D issues de 8 centres français d'imagerie, cette base de données ouverte et standardisée (FAIR) offre un socle unique pour la microscopie computationnelle.
La microscopie à fluorescence est largement utilisée en biologie : utiliser des marqueurs fluorescents permet de mettre en exergue les éléments de la cellule que les scientifiques veulent étudier. Toutefois, cette technique présente des contraintes : préparation des échantillons longue, photoblanchiment dégradant le signal, et phototoxicité pouvant altérer les cellules vivantes. Dans ce contexte, la prédiction de fluorescence à partir d’images sans marquage constitue une approche prometteuse. Le projet Light The Cells présente ainsi des pistes d'amélioration de cette technique.