Le repliement tridimensionnel des chromosomes en super-résolution
En combinant le marquage fluorescent d’ADN à la microscopie en super-résolution, les scientifiques ont caractérisé la structure de domaines génomiques appelés TADs au sein desquels les interactions chromatiniennes sont enrichies. Cette organisation dépend du complexe cohésine, qui génère ces interactions, et de la protéine CTCF, qui prévient les contacts entre TADs voisins. Les TADs sont en outre subdivisés en « nanodomaines » qui dépendent du profil épigénétique de la chromatine. Ces résultats sont publiés dans la revue Nature Genetics.
Le génome n'est pas qu'une suite de nucléotides contenu dans le noyau des cellules, son organisation tridimensionnelle et la manière dont celle-ci s'organise joue également un rôle dans les relations fonctionnelles entre la structure des chromosomes et la régulation génique. Cette étude menée notamment par l'IGH met en oeuvre une technique de marquage spécifique de l’ADN utilisant des oligonucléotides fluorescents appelée « Oligopaint Fluorescent in situ hybridization » avec de la microscopie en super-résolution.
Référence
Regulation of single-cell genome organization into TADs and chromatin nanodomains.
Szabo Q, Donjon A, Jerković I, Papadopoulos GL, Cheutin T, Bonev B, Nora EP, Bruneau BG, Bantignies F, Cavalli G.
Nat Genet. 2020 Oct 19. doi: 10.1038/s41588-020-00716-8.