COVID-19, retours sur la mobilisation du CNRS

Criblage haut débit de molécules

Mise en œuvre d’un test rapide et fiable pour le criblage haut-débit de molécules antivirales actives contre le SARS-CoV-2 – Alpha-COV
Financé par la région Occitanie et l’ANR
Institut de recherche en infectiologie de Montpellier (IRIM) – CNRS / UM

Le projet Alpha-COV a pour objectif de mettre en place un modèle cellulaire pour le criblage à haut débit de molécules antivirales qui inhibe la réplication du SARS-CoV-2.
Ce test basé sur la translocation nucléaire de protéines endogènes a déjà été validé avec le virus Sendai. Un des objectifs du projet est de mettre à disposition des laboratoires académiques et des entreprises pharmaceutiques des outils technologiques ainsi que des lignées cellulaires permettant de cribler, valider et optimiser des molécules antivirales dirigées contre le SARS-CoV-2.

Des analogues des nucléosides

Analogues de nucléosides comme médicaments anti-CoV-2 – NucleoCov2
Financé par la Fondation pour la Recherche Médicale
Institut des biomolécules Max Mousseron (IBMM) - CNRS / ENSCM / UM

Le projet NucleoCov2 vise aussi découvrir de nouveaux agents thérapeutiques parmi les analogues de nucléosides.
Une bibliothèque de composés chimiques sera criblée afin de rechercher des composés actifs capables d’interférer avec des molécules essentielles à la réplication du génome viral. Des modèles cellulaires seront également développés afin d’évaluer les effets des candidats médicaments.

Inhibiteurs de la N7-méthyltransférase du SARS-CoV-2 : une cible thérapeutique inhabituelle contre la Covid-19 – MetInCoV
Financé par l’ANR
Institut des biomolécules Max Mousseron (IBMM) - CNRS / ENSCM / UM

Le projet MetInCoV propose une approche multidisciplinaire qui associe conception moléculaire, synthèse chimique et tests robustes in vitro. Le projet s’intéresse aux enzymes impliquées dans le processus de coiffage des ARN viraux et plus particulièrement les ARN N7- ou 2-O-méthyltransférases (MTases). Ces enzymes sont des cibles thérapeutiques originales encore peu développées.
Le projet recherchera de nouveaux analogues nucléosidiques de la S-adénosyl méthionine qui ciblent la MTase nsp14.

Des acides nucléiques

Nouvelle approche thérapeutique contre le SRAS CoV-2 ciblant un cofacteur essentiel l’ARN hélicase DHX9. – NAT_DHX9
Financé par l’ANR
Institut de recherche en infectiologie de Montpellier (IRIM) – CNRS / UM

Certains facteurs cellulaires comme les hélicases à ARN sont nécessaires pour le bon déroulement des cycles infectieux et représentent des cibles antivirales potentielles.
C’est pourquoi le projet NAT_DHX9 étudie de petites molécules à efficacité antivirale capable de se lier au domaine hélicase à ARN de DHX9 et d’inhiber son activité. Le projet caractérisera la base moléculaire des interactions de DHX9 avec les protéines virales du SARS-CoV-2 pour améliorer l’efficacité des molécules, leurs stabilités et mesurer leur spectre d’activité antivirale dans le but d’apporter une nouvelle voie thérapeutique anti-SARS-CoV-2.

Les cribles génétiques

Cribles CRISPR à l’échelle du génome pour identifier de nouvelles cibles thérapeutiques et inhiber la réplication du SARS-CoV-2 – CRISPR-TARGET-CoV
Financé par l’ANR
Institut de recherche en infectiologie de Montpellier (IRIM) – CNRS / UM

Le projet CRISPR-TARGET-CoV utilise la technologie CRISPR (clustered regularly interspaced short palindromic repeats) pour un crible génétique afin d’identifier les gènes cellulaires impliqués dans l’infection virale. Une cartographie de nouvelles cibles thérapeutiques pour la COVID-19 sera établie. Des molécules d’intérêt (déjà approuvées pour le traitement d’autres pathologies ou bien ayant été utilisées dans des essais cliniques de phase II et phase III) seront criblées, sélectionnées sur la base de leur pertinence par rapport aux facteurs cellulaires identifiés et validées ex vivo. Si elles s’avèrent efficaces, elles pourraient être utilisées dans une stratégie de repositionnement et ainsi permettre d’ouvrir la voie à de nouvelles perspectives thérapeutiques.

Compréhension de la dissémination virale dans l’air

Salive et Aérosolisation par la Parole – SARS
Financé par l’ANR
Centre de Biochimie Structurale (CBS) – CNRS / Inserm / UM

Le projet SARS propose de mesurer les caractéristiques des aérosols émis au cours de l’expression verbale chez l’homme depuis la bouche et jusqu’à deux mètres de distance dans différentes conditions d’hygrométrie. Un dispositif de diffusion de la lumière à particule unique provenant de l’industrie des pulvérisations sera utilisé. L’importance des caractéristiques phonétiques dans l’aérosolisation de la salive et l’efficacité du port du masque dans le transport à longue distance des aérosols seront analysés. De nouvelles stratégies d’atténuation en utilisant des baumes pour les lèvres, des additifs alimentaires à la salive et des purificateurs d’air seront également testés.
Ces travaux permettront de proposer de nouvelles règles de distanciation.

Transport et dépôt de gouttelettes et d’aérosols au-dessus d’une table. Application au contrôle de la pandémie de Covid-19 – TransporTable
Financé par l’ANR
Institut Montpelliérain Alexander Grothendieck (IMAG) – CNRS / UM

Le projet TransporTable s’intéresse aux gouttelettes échangées lors des repas. La mécanique des fluides numérique sera utilisée pouralculer l’écoulement et le transport de pathogènes. Le but est de : caractériser les niveaux de concentration en gouttelettes et aérosols infectés dans l’air au-dessus de la table ; calculer le niveau et la localisation du dépôt de ces particules infectées sur la table et de proposer des stratégies de limitation des risques associées.

Epidémiologie environnementale de la Covid-19 en Guyane française : combiner eDNA et biogéographie pour prédire les futurs pics épidémiques – EPI-COV
Financé par l’ANR
Institut des sciences de l'évolution de Montpellier (ISEM) - CNRS / UM / IRD / EPHE

Le projet EPI-COV a trois objectifs principaux : 1) réaliser une surveillance environnementale du SARS-CoV-2 dans les eaux usées urbaines et périurbaines en Guyane française, 2) identifier la présence et la diversité du virus dans l’environnement proche des personnes infectées et 3) identifier les facteurs environnementaux et socio-économiques potentiellement impliqués dans l’émergence et la transmission de la Covid-19. Ce projet permettra de produire des indicateurs épidémiologiques simples, rapides et non invasifs de la circulation du virus dans la population humaine, d’identifier les zones à risque d’émergence de la Covid-19 et de proposer des modèles simples pour prévoir les futurs pics épidémiques à une échelle locale (Guyane française) mais aussi globale (mondiale).

Développement de modèles mathématiques de prédiction de la dissémination virale

Intégration de données de séquences et d’incidence pour analyser et contrôler les épidémies virales – PHYEPI
Financé par la région Occitanie et l’ANR
Maladies Infectieuses et Vecteurs : Écologie, Génétique, Évolution et Contrôle (MIVEGEC) - CNRS / IRD / UM

Le projet PHYEPI propose une méthode pour mieux comprendre la propagation des infections virales. La combinaison des données d’incidence et de séquences génétiques permettra d’obtenir des informations sur les paramètres épidémiologiques de l’épidémie, mais aussi sur les paramètres biologiques tels que la durée de la période infectieuse ou encore l’hétérogénéité entre les formes infectieuses.

Épidémiologie digitale : analyse des réseaux sociaux pour anticiper le niveau de transmission locale de la Covid-19 dans les agglomérations françaises – DigEpi
Financé par la région Occitanie et l’ANR
Maladies Infectieuses et Vecteurs : Écologie, Génétique, Évolution et Contrôle (MIVEGEC) - CNRS / IRD / UM

Le projet DigEpi a également pour but d’analyser la transmission du virus dans la population. Il s’agit d’une étude épidémiologique digitale afin de développer un modèle mathématique pour suivre l’évolution de l’intensité de la transmission du virus et l’efficacité des mesures de confinement dans les grandes villes de France. Après avoir classé les contenus quotidiens des messages twitter grâce à des algorithmes de deep-learning, le but est d’identifier comment l’évolution du contenu des messages peut refléter des changements d’effet des mesures de confinement. Enfin, l’objectif est de développer un dispositif qui pourra analyser en temps réel les messages des réseaux sociaux et prévoir à court terme une diminution de l’efficacité du confinement pouvant entraîner une augmentation de l’intensité de transmission.

Étude des schémas de transmission dans la population

Étude sérologique géographique et temporelle à grande échelle de l’infection des animaux de compagnie par le SARS-CoV-2 au cours de la deuxième vague épidémique de Covid-19 en France – CoVet
Financé par l’ANR
Maladies Infectieuses et Vecteurs : Écologie, Génétique, Évolution et Contrôle (MIVEGEC) - CNRS / IRD / UM

Le projet CoVet a pour objectif de mener une enquête sérologique temporelle à grande échelle de l’infection des animaux de compagnie par le SARS-CoV-2 pour clarifier le rôle que ces animaux peuvent jouer dans l’épidémiologie de la Covid-19. Ces résultats apporteront des informations sur la fréquence des contaminations des animaux de compagnie à partir de leurs propriétaires ainsi que la variabilité de ces infections en fonction de l’espèce animale ou de tout autre facteur de risque.